Un metabolita è il prodotto (intermedio o finale) del processo del metabolismo.

La distinzione fra i metaboliti primari e secondari dei microrganismi non è diretta. La produzione e la applicazione dei metaboliti secondari microbici è pensata per dare alle piante un vantaggio competitivo nei loro ambienti con la soppressione di agenti patogeni. Numerosi agrofarmaci (es. Abamectina, Spinosad) sono infatti tossine o metaboliti secondari di microrganismi (i batteri Streptomyces avermitilis e Saccharopolispora rispettivamente per Abamectina e Spinosad).

Gli antibiotici ed altri metaboliti microbici sono prodotti sia dai prokaryotes che dagli eucarioti. Fra i Procarioti, le specie di bacillus, degli streptomices, dei micobatteri e di pseudomonas producono le quantità più elevate dei metaboliti. I funghi, compreso gli ascomiceti, specie filamentose e endofitiche dei basidiomiceti, producono 38% di tutti i metaboliti microbici. Dai metaboliti microbici conosciuti, esplicano attività antimicrobica e antibiotica circa il 60% sui batteri gram-positivi, del 30% contro i batteri gram-negativi.

La diversità chimica trovata in migliaia di metaboliti da microrganismi rimane una risorsa ineguagliata per la scoperta di nuovi composti microbici che possono essere utili nelle applicazioni in agricoltura.

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